二次审议修订草案时，有些全国人大常委会委员提出，企业事业单位造成水污染事故的，除对该单位给予罚款等处罚外，还应规定对单位负责人和直接责任人员也可处以罚款。因此在第三次提请审议草案中增加了以上规定。

　　修改后的修订草案规定，企业事业单位违反本法规定，造成水污染事故的，由县级以上人民政府环境保护主管部门处以罚款，责令限期采取治理措施，消除污染；不按要求采取治理措施或者不具备治理能力的，由环境保护主管部门指定有治理能力的单位代为治理，所需费用由违法者承担；对造成重大或者特大水污染事故的，可以报经有批准权的人民政府批准，责令关闭。

　　草案还规定，对造成一般或者较大水污染事故的，按照水污染事故造成的直接损失的20％计算罚款；对造成重大或者特大水污染事故的，按照水污染事故造成的直接损失的30％计算罚款。

　　草案指出，造成渔业污染事故或者渔业船舶造成水污染事故的，由渔业主管部门进行处罚；其他船舶造成水污染事故的，由海事管理机构进行处罚。