牡丹区始终将科技驱动作为推动县域经济转型升级的强劲动力，持续加大对科技创新的奖励力度，积极鼓励企业研发新产品、新技术，一批科技成果成功问世。仅2010年，全区就获得重要科技成果42项。菏泽瑞璞牡丹产业科技发展有限公司的牡丹籽油生产工艺及油用牡丹规范化栽培技术达到国际先进水平，山东神州制药有限公司的 “红核妇洁洗液的研究与开发”处于国内领先水平，菏泽睿昌化工有限责任公司的 “盐酸头孢卡品酯技术开发”达到国内先进水平。菏泽步长制药有限公司的 “丹红注射液的研究与开发”获2010年省科技进步一等奖，菏泽阿克迪化工科技有限公司的“烷基烯酮二聚体生产新工艺研究”等5项科研成果获市科技进步一等奖。

　　为使科研成果尽快转化为生产力，牡丹区积极搭建孵化平台，着力加快实施了一批科研成果。去年，全区累计实施科技计划项目54项，其中国家级2项、省级12项、市级40项，争取上级研发资金1350万元。步长制药承担的“丹红注射液近红外在线自动质量控制技术”项目被列入国家“十一五”新药创制计划，“稳心颗粒技术改造研究”等项目被列入国家“十二五”重大新药创制科技重大专项；海创生物科技承担的“直投式酸奶发酵剂的中试研究”被列入国家中小企业创新基金计划。国家级科技专项“牡丹重要技术标准研究”项目应用推广后，全区牡丹标准化生产面积迅速发展到6万多亩，生产、管理、营销等成本降低20%左右，产品价格增加30%以上，牡丹产业年新增产值过亿元。

　　科技发展不仅提升了全区经济的含金量，也成为推动经济快速转型升级的强力引擎。截至目前，全区高新技术企业发展到26家，创新型试点企业16家，2010年高新技术产业产值突破100亿元，占规模以上工业的比重达到41%，比2005年提高6个百分点。